Output file tree:
Note- whereever you see {***RECIPE_NAME***} written, these outputs are provided for every recipe requiested for that sample.
{SAMPLE_ID}/
├── bb
│ ├── whitelist_1.txt
│ ├── whitelist_2.txt
│ ├── whitelist_adapter.txt
│ └── whitelist.txt
├── cutadapt2.json
├── cutadapt.json
├── cutadapt.log
├── cutadapt_round2.log
├── fastqc
│ ├── postCutadapt_R1
│ │ ├── cut_R1_fastqc.html
│ │ └── cut_R1_fastqc.zip
│ ├── postCutadapt_R2
│ │ ├── cut_R2_fastqc.html
│ │ └── cut_R2_fastqc.zip
│ ├── preCutadapt_R1
│ │ ├── merged_R1_fastqc.html
│ │ └── merged_R1_fastqc.zip
│ ├── preCutadapt_R2
│ │ ├── merged_R2_fastqc.html
│ │ └── merged_R2_fastqc.zip
│ ├── rRNA_bwa_R1
│ │ ├── final_filtered_R1_fastqc.html
│ │ └── final_filtered_R1_fastqc.zip
│ ├── rRNA_bwa_R2
│ │ ├── final_filtered_R2_fastqc.html
│ │ └── final_filtered_R2_fastqc.zip
│ ├── rRNA_STAR_R1
│ │ ├── final_filtered_R1_fastqc.html
│ │ └── final_filtered_R1_fastqc.zip
│ ├── rRNA_STAR_R2
│ │ ├── final_filtered_R2_fastqc.html
│ │ └── final_filtered_R2_fastqc.zip
│ ├── twiceCutadapt_R1
│ │ ├── twiceCut_R1_fastqc.html
│ │ └── twiceCut_R1_fastqc.zip
│ ├── twiceCutadapt_R2
│ │ ├── twiceCut_R2_fastqc.html
│ │ └── twiceCut_R2_fastqc.zip
│ └── unmapped
│ └── {***RECIPE_NAME***}
│ ├── Unmapped.out.mate1_fastqc.html
│ ├── Unmapped.out.mate1_fastqc.zip
│ ├── Unmapped.out.mate2_fastqc.html
│ └── Unmapped.out.mate2_fastqc.zip
├── kb
│ └── {***RECIPE_NAME***}
│ ├── inspect.corrected.bus.json
│ ├── kallisto_align.log
│ ├── output.sorted.bus
│ ├── raw
│ │ ├── bustools_count.log
│ │ ├── output.barcodes.txt.gz
│ │ ├── output.genes.txt.gz
│ │ ├── output.h5ad
│ │ └── output.mtx.gz
│ └── run_info.json
├── kbpython
│ └── {***RECIPE_NAME***}
│ ├── counts_unfiltered
│ │ ├── cells_x_genes.barcodes.txt.gz
│ │ ├── cells_x_genes.genes.names.txt
│ │ ├── cells_x_genes.genes.txt.gz
│ │ ├── cells_x_genes.mtx.gz
│ │ └── output.h5ad
│ ├── inspect.json
│ ├── kb_info.json
│ ├── kbpython_standard.log
│ ├── run_info.json
│ └── transcripts.txt
├── miRge_bulk
│ └── {***RECIPE_NAME***}
│ │ ├── a2IEditing.detail.txt
│ │ ├── a2IEditing.report.csv
│ │ ├── a2IEditing.report.newform.csv
│ │ ├── annotation.report.csv
│ │ ├── annotation.report.html
│ │ ├── index_data.js
│ │ ├── mapped.csv
│ │ ├── miR.Counts.csv
│ │ ├── miRge3_visualization.html
│ │ ├── miR.RPM.csv
│ │ ├── run.log
│ │ ├── sample_miRge3.gff
│ │ ├── twiceCut_R2_novel_miRNAs
│ │ │ └── twiceCut_R2_novel_miRNAs_report.csv
│ │ ├── unmapped.csv
│ │ └── unmapped.log
├── ont
│ ├── adapter_scan.tsv
│ ├── merged.fq.gz
│ ├── merged.log
│ ├── merged_stranded.fq.gz
│ ├── minimap2.log
│ ├── sorted.bam
│ ├── sorted.bam.bai
│ ├── tmp
│ │ ├── 20231213_1452_3B_PAM09861_415471fe.fq
│ │ └── 20231215_0943_3B_PAM09861_de42ca77.fq
│ └── tmp.sam
├── qualimap
│ └── rRNA
│ └── bwa
│ ├── css
│ │ ├── agogo.css
│ │ ├── ajax-loader.gif
│ │ ├── basic.css
│ │ ├── bgfooter.png
│ │ ├── bgtop.png
│ │ ├── comment-bright.png
│ │ ├── comment-close.png
│ │ ├── comment.png
│ │ ├── doctools.js
│ │ ├── down.png
│ │ ├── down-pressed.png
│ │ ├── file.png
│ │ ├── jquery.js
│ │ ├── minus.png
│ │ ├── plus.png
│ │ ├── pygments.css
│ │ ├── qualimap_logo_small.png
│ │ ├── report.css
│ │ ├── searchtools.js
│ │ ├── underscore.js
│ │ ├── up.png
│ │ ├── up-pressed.png
│ │ └── websupport.js
│ ├── images_qualimapReport
│ │ ├── Coverage\ Profile\ Along\ Genes\ (High).png
│ │ ├── Coverage\ Profile\ Along\ Genes\ (Low).png
│ │ ├── Coverage\ Profile\ Along\ Genes\ (Total).png
│ │ ├── Reads\ Genomic\ Origin.png
│ │ └── Transcript\ coverage\ histogram.png
│ ├── qualimapReport.html
│ ├── raw_data_qualimapReport
│ │ ├── coverage_profile_along_genes_(high).txt
│ │ ├── coverage_profile_along_genes_(low).txt
│ │ └── coverage_profile_along_genes_(total).txt
│ ├── rnaseq_qc.log
│ ├── rnaseq_qc_results.csv
│ └── rnaseq_qc_results.txt
├── R1_trimming.log
├── rRNA
│ ├── bwa
│ │ ├── aligned.bam
│ │ ├── aligned_sorted.bam
│ │ ├── aligned_sorted.bam.bai
│ │ ├── bwa_mem.log
│ │ ├── final_filtered_R1.fq.gz
│ │ ├── final_filtered_R2.fq.gz
│ │ └── rRNA_readID.list
│ └── STARsolo
│ ├── Aligned.sortedByCoord.out.bam
│ ├── final_filtered_R1.fq.gz
│ ├── final_filtered_R2.fq.gz
│ ├── Log.final.out
│ ├── Log.out
│ ├── Log.progress.out
│ ├── SJ.out.tab
│ └── Solo.out
│ ├── Barcodes.stats
│ └── GeneFull
│ ├── Features.stats
│ ├── filtered
│ │ ├── barcodes.tsv
│ │ ├── features.tsv
│ │ └── matrix.mtx
│ ├── raw
│ │ ├── barcodes.tsv
│ │ ├── features.tsv
│ │ ├── matrix.mtx
│ │ └── UniqueAndMult-EM.mtx
│ ├── Summary.csv
│ └── UMIperCellSorted.txt
├── STARsolo
│ └── {***RECIPE_NAME***}
│ ├── Aligned.sortedByCoord.out.bam
│ ├── Log.final.out
│ ├── Log.out
│ ├── Log.progress.out
│ ├── SJ.out.tab
│ ├── Solo.out
│ │ ├── Barcodes.stats
│ │ ├── Gene
│ │ │ ├── Features.stats
│ │ │ ├── filtered
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── raw
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ ├── matrix.h5ad
│ │ │ │ ├── matrix.mtx.gz
│ │ │ │ ├── UniqueAndMult-EM.h5ad
│ │ │ │ ├── UniqueAndMultEM.h5ad
│ │ │ │ └── UniqueAndMult-EM.mtx.gz
│ │ │ ├── Summary.csv
│ │ │ └── UMIperCellSorted.txt
│ │ ├── GeneFull
│ │ │ ├── Features.stats
│ │ │ ├── filtered
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ └── matrix.mtx.gz
│ │ │ ├── raw
│ │ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ │ ├── matrix.h5ad
│ │ │ │ ├── matrix.mtx.gz
│ │ │ │ ├── UniqueAndMult-EM.h5ad
│ │ │ │ ├── UniqueAndMultEM.h5ad
│ │ │ │ └── UniqueAndMult-EM.mtx.gz
│ │ │ ├── Summary.csv
│ │ │ └── UMIperCellSorted.txt
│ │ └── Velocyto
│ │ ├── Features.stats
│ │ ├── filtered
│ │ │ ├── ambiguous.mtx.gz
│ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ ├── spliced.mtx.gz
│ │ │ └── unspliced.mtx.gz
│ │ ├── raw
│ │ │ ├── ambiguous.mtx.gz
│ │ │ ├── barcodes.tsv.gz
│ │ │ ├── features.tsv.gz
│ │ │ ├── spliced.mtx.gz
│ │ │ └── unspliced.mtx.gz
│ │ └── Summary.csv
│ ├── Unmapped.out.mate1.fastq.gz
│ └── Unmapped.out.mate2.fastq.gz
└── tmp
├── cut_R1.fq
├── cut_R1.fq.gz
├── cut_R2.fastq.gz
├── cut_R2.fq.gz
├── merged_R1.fq.gz
├── merged_R2.fq.gz
├── merged_trimmed_R1.fq.gz
├── twiceCut_R1.fq.gz
├── twiceCut_R2.fastq.gz
└── twiceCut_R2.fq.gz